導入
このページの目的は、真正細菌(細菌、 バクテリア または 真正細菌 ) の系統樹、つまり、異なるグループ (または分類群) 間に存在する親族関係を強調表示する系統図を提示することです。科学界内で議論の対象となっている論点は、参考文献の前に簡単に示されています。
系統樹
原核生物の系統発生については、専門家の意見が依然として大きく分かれています。以下にいくつかの例を示します…
より高レベルの細菌分類群に関して、ここで示されている系統図は、一般に Thomas Cavalier-Smith の最新の提案に従っています。古細菌と真核生物は真正細菌と同じ起源ではなく、その出現からずっと後にその内部に根ざしているため、「普遍的な」祖先はもはや「LUCA」仮説に適合しません。したがって、この仮説では、真正細菌は自然のグループ (単系統クレード) を形成せず、知られている最古の進化段階の細胞生物であると考えられます。
分類群に続いて、その出現時期がわかっている場合は、次の凡例に従って示すことができます。 ( Plé ): 更新世。 (褶曲): 鮮新世。 (みお): 中新世。 (オリ): 漸新世。 ( Éoc ): 始新世。 ( Pal ): 暁新世。 ( Cre ): 白亜紀。 ( Jur ): ジュラ紀。 ( Tri ): 三畳紀。 (当たり): ペルム紀。 (車): 石炭紀。 ( Dev ): デボン紀。 ( Sil ): シルル紀。 ( Ord ): オルドビス紀。 (カンブ):カンブリア紀。さらに、可能であればさらに明確にするために、( – ): 低い。 ( ~ ): 中。 ( + ): 優れています。
▲は生命の系統樹のすぐ上の部分を指します。記号► は、対象となるグループの系統分類を示します。
▲ §─o クロロバクテリアまたはクロロフレキシ §─?カルディセリカ└─o §─o 波動細菌またはデイノコッカス └─o グリコバクテリア（傍フィラリア菌） §─oシアノバクテリア│ └─o葉緑体sl └─o ├─o グラシリクテス属 │ §─oスピロヘータ│ └─o │ §─o スフィンゴバクテリア │ └ ─o外鞭毛虫│ §─oプランクトバクテリア│ └─oプロテオバクテリア│ └─oミトコンドリア└─o └─o 好酸菌（側系統） ├─o内細菌│ §─oモリクテス属 │ lux ─oファーミクテス属ss └─o 放線菌（側系統性） ━─o ネオムラ §─o真核生物► lux─o 古細菌または古細菌►
▲っています。スファエロバクテラル目 │ │ └─oサーモ微生物目 │ └─o クロロフレクシ亜目│ §─oヘルペトシフォナ目│ └─o クロロフレクサレス目 │ §─oクロロフレクサ科│ └─oオシロクロリダ科§─?カルディセリカル目 └─o §─o ハドバクテリアまたはデイノコッカス │ §─oサーマル目│ └─o デイノコッカス目 │ §─oデイノコッカス科 │ └─oトゥルーペラーセ科└─o グリコバクテリア（副フィラリア） §─o シアノバクター ia │ §─oグロエオバクテリウム属 │ lux─ oフィコバクテリア│ │ │ §─o葉緑体sl │ │ ├─o葉緑体ss │ │ └─o │ │ ├─oロードプラスト│ │ lux─o シアナネル │ │ │ ├─o 緑細菌│ │ ├─o 緑球菌│ │ cil ─oプレウロカプサレス目│ │ └─o オシラト目目│ qu─oホルモゴネ科│ ├─o剛毛目 │ └─o ノストカ目 │ っていますか │ ├─o 微毛目 │ §─o ノストカ科 │ Rivulariaceae │ lux─o Scytonemataceae └─o §─?ゲマティモナデテス §─o グラシリキューテス │ §─oスピロヘータ科│ │ §─oレプトスピラ科 │ │ └─o エウスピロヘータ科 │ │ ├─o セルプリナ科またはブラキスピラ科 │ │ lux─o スピロヘータ科 │ lux─o │ っていつ─o スフィンゴバクテリア │ │ §─ oフィブロバクテラル目 │ │ └─o │ │ ├─o クロロビア目│ │ lux─o バクテロイデス科 │ │ §─oロドサーマ科│ │ └─o │ │ ├─oスフィンゴバクテリウム目 │ │ │ メソッド メソッド: キチノファガ科 │ │ │ §─oサイクロバクテリア科│ │ │ χ─oフラメオビルガ科 │ │ │ τ─oフレキシバクテリウム科 │ │ │ τ─o サプロスピラ科 │ │ │ │ │ ━─ｏスフィンゴバクテリア科 │ │ └─o │ │ τ─ｏフラボバクテリウム目 │ │ │ τ─ｏ ブラッタバクテリウム科 │ │ │ ─ oフラボバクテリア科 │ │ │ lux─oクリオモルファ科│ │ lux─oバクテロイダ科 │ │ §─o バクテロイダ科│ │ §─oマリニラビア科│ │ ├─oリケネラ科│ │ ─oポルフィロモナダ科 │ │ └─oプレボテラ科│ │ └─o外鞭毛虫│ §─oプランクトバクテリア│ │ ├─oポリバクテリア │ │ ├─oプランクトミセテス│ │ │ メソッド │ §─o プランクトミセタレス目 │ │ │ lux─oフィシスファエラ目│ │ ─o │ │ ├─o クラミジア目 │ │ │ §─o クラミジア科 │ │ │ lux─o │ │ │ ├─o │ │ │ │ ├─oシムカニ科 │ │ │ │ └─o ラブドクラミジア科 │ │ │ └─o │ │ │ ├─o ワッドリア科 │ │ │ lux─o パラクラミジア科 │ │ └ ─ o │ │ §─o レンティスファエラ目 │ │ │ ├─oレンティスファエラ目│ │ │ └─oビクティバリラ目│ │ └─o 疣贅菌 │ │ §─o スパルトバクテリアまたはキシフィン・エマトバクテリア科│ │ §─o 疣贅菌目 │ │ └─o Opitutae │ │ §─oオピタレス目│ │ └─oプニシコッカレス目│ └─o │ ├─?エリュシミクロビア│ │ §─oエリュシ微生物目 │ │ └─o エンドバクテリア│ │ └─o地殻バクテリア │ │ §─o アシドバクテリウム │ │ │ メソッド │ ├─o アシドバクテリア目 │ │ ├ ─oソリバクテラル目│ │ │ lux─oホロファガエ│ │ │ §─ o Acanthopleuribacterales │ │ │ └─o Holophagales │ │ └─o Ferrobacteria または Geovibriales │ │ §─?クリシオゲナレス目 │ │ §─oニトロスピラ目│ │ └─o デフェリバクターレス │ │ §─oカルディスリックス│ │ └─o │ │ ├─o シナジステテス │ │ lux─o デフェリバクター・アセエ │ │ └─o │ §─?テルモデスルホバクテリア目 │ §─oアキフィカ目 │ │ §─o水草科│ │ §─oデスルフロバクテリア科 │ │ └─o ハイドロゲンテルマ科 │ qu─o プロテオバクテリア │ §─o イプシロンプロテオバクテリア │ │ §─oノーチリア目│ │ └─oカンピロバクテラル目│ │ §─ oカンピロバクテリウム科 │ │ §─oヘリコバクター科│ │ └─o ハイドロゲニモナ科 │ │ §─o デルタプロテオバクテリア│ │ §─oブデロビブリオナレス目│ │ §─oデスルファーカレス目│ │ §─oデスルフ・オバクテラルス科 │ │ │ §─oデスルホバクテリウム科│ │ │ ─ o Desulfobulbaceae │ │ │ └─o Nitrospinaceae │ │ §─o Desulfovibriionales │ │ │ §─o Desulfovibrionaceae │ │ │ ├─o Desulfomicrobiaceae │ │ │ ├ ─o Desulfohalobiaceae │ │ │ └─o Desulfonatronumceae │ │ §─ oデスルフレラ目 │ │ §─oデスルフロモナダ目│ │ │ ├─oデスルフロモナダ科 │ │ │ └─oジオバクテリア科│ │ │ │ │ │ ∴─o シントロフォバクテラ目│ │ │ ├─o シントロフォバクテラー科│ │ │ │ lux─oシントロファクエ科│ │ └ ─o ミクソコッカス目 │ │ §─oシストバクテリナ科 │ │ │ §─o 嚢胞性細菌科 │ │ │ luxococcaceae │ │ §─oソランギナ科またはポリアンギア科│ │ └─oナンノシスチネ科│ │ ├─oナンノシスチス科│ │ §─oハリアンギ科 │ │ └─oコフレリア科 │ lux─ o │ §─o ゼタプロテオバクテリアまたはマリプロフンデレス │ lux─oロドバクテリア│ §─o アルファプロテオバクテリア │ │ §─?コプリイモナダレス│ │ §─?コルディイモナダレス│ │ §─o リケッチアレス │ │ │ §─?ホロスポラ科│ │ │ §─oアナプラズマ科│ │ │ lux─o リケッチア科 │ │ │ │ │ │ └─oミトコンドリア│ │ lux─o │ │ o │ │ │ ├─oスフィンゴモナダル目 │ │ │ └ ─oロドスピリラ目 │ │ │ §─oロドスピリラ科 │ │ │ └─oアセトバクテリウム科│ │ └─o │ │ ├─o │ │ │ ├─oカウロバクター目 │ │ │ 肯定的 ─o │ │ │ ├─?パーブラキュラ目│ │ │ lux─o Rhodobacterales │ │ └─o Rhizobiales │ │ §─?オーランティモナダ科 │ │ §─? Hyphomicrobiaceae │ │ ├─o │ │ │ ├─oメチロバクテリア科│ │ │ lux─o │ │ │ ├─o Bradyrhizobiaceae │ │ │ lux─o │ │ │ ├─?メチロシスタ科│ │ │ └─?ベイジェリンキ科│ │ └─o │ │ §─?ロドビア科 │ │ └─o │ │ ├─oバルトネラ科 │ │ lux─o │ │ ├─o 根粒菌科 │ │ §─oブリュセラ科│ │ └─oフィロバクテリア科 │ lux─o 色素バクテリア │ §─o ベータプロテオバクテリア │ │ §─oハイドロゲノフィラ目│ │ §─oメチロフィラ目│ │ §─oナイセリア目│ │ §─oニトロソモナダ目│ │ │ │ ├─oニトロソモナダ科 │ │ │ ├─oスピリラ科│ │ │ lux─oガリオネラ科│ │ §─oプロカバクテリウム目 │ │ §─ oロドシクラレス目│ │ └─o バークホルデリア目 │ │ §─oバークホルデリア科 │ │ §─o オクサロバクテリウム科│ │ §─o アルカリゲナ科 │ │ └─o コマモナダ科 │ lux─oガンマプロテ細菌 │ §─o アシディチオバシラ目│ │ §─o アシディチオバシラ科│ │ ━─oテルミチオバシラ科│ §─oアエロモナダ目│ │ §─oアエロモナダ科│ │ └─o サクシニビブリオン科 │ §─o アルテロモナダ目 │ §─o心臓バクテリウム目 │ §─oクロム・アティアレス │ │ §─o クロマティア科│ │ §─oエクトチオルドスピラ科│ │ └─oハロチオバシラス科 │ §─o 腸内細菌目 │ §─oレジオネラ目 │ │ §─oレジオネラ科 │ │ lux─o コクシエラ科│ ├─oメチロコッカス科 │ │ §─oクレノトリカ科 │ │ └─oメチロコッカス科│ §─oパスツレラ目│ §─o シュードモナダ目 │ │ ├─oシュードモナダ科│ │ └─o モラクセラ科 │ §─o チオトリケレス目 │ │ §─oチオトリケラ科│ │ ├─oフランシセラ科│ │ lux ─oピシリケッチア科 │ §─oビブリオナ目 │ §─oザントモナダ科│ └ ─o オセアノスピリラ目 │ §─oオセアノスピリラ科│ §─oアルカニボラ科│ §─oハヘル科 │ §─o ハロモナダ科│ ├─o オイフィラ科 │ └─oサッカロスピリラ科└─o § ─oサーモトガレスまたはトゴバクテリア §─oセレノバクテリア│ zel ─oスポロムサレス属 │ └─oヘリオバクテリウム属 §─o フソバクテリウム属 └─o ポジバクテリアまたはファーミクテスsl (側系統) §─o内細菌│ §─oディクトオグロマレス属│ └─o │ §─o モリクテス属またはテネリクテス属│ │ §─oアコレプラズマ目│ │ ol o a anaeroplasmatales Thermolithobacterales │ §─o クロストリジウム菌 │ │ §─oナトラナエロビア目│ │ §─oハラナエロビア目│ │ │ §─o ハラナエロビア科 │ │ │ └─o ハロバクテロイド科 │ │ oサーモアナエロバクテリア科 │ │ │ §─oサーモアナエロバクテリア科│ │ │ │ └─oサーモデススルフォビア科 │ │ ━─o クロストリジウム目 │ │ §─oカタバクテリア科 │ │ §─oクロストリジウム科 │ │ §─o 真正細菌科 │ │ §─o グラシリバクテリウム科 │ │ oラクノスピラ科 │ │ §─oオシロスピラ科 │ │ §─oペプトコッカス科 │ │ §─oペプトストレプトコッカス科aceae│││ ─o ロイコノストッカ科 │ │ qu─o レンサ球菌科 │ ─o 桿菌目 │ ─ o アリサイクロバシラス科 │ ─ o 桿菌科 │ ─ o リステリア科 │ ─ o パエニバシラ科│ ─ ─ oパスウリ科│ ─ ─ o プラノコッカス科 │ ─ oスポロラクトバシラスあえ │ §─o ブドウ球菌科 │ §─o サーモアクチノ菌科│ §─o テルミカヌス │ §─oジェメラ│ └─o エクスイグオバクテリウム └─o 放線菌（側系統） §─oルブロ バクテリダ科 │ §─o ルブロバクテラル目│ §─oサーモレオフィラ目│ qu─oソリルブロバクター目 │ §─oコネクシバクテラ科│ §─o パツリバクテラ科 │ └─o ソリルブロバクテラ科 └─o §─oコリオバクテリウム目 └─o §─o酸性微生物目 └─o放線菌科（パラフィラス菌） §─oビフィズス菌目§─oニトリリルプトラ目└─ o 放線菌目（側系統） §─oラロバクテリネ科§─oアクチノマイシネ科 ├─oカテヌリスポリネ科 │ §─oアクチノスピカ科 │ └─o カテヌリスポラ科 │ §─o アクチノス・インネマタ科│ └─oシュードノカルジア科 §─oグライコマイシン科§─oミクロコクシネ科│ § ──？胞子嚢内科│ §─?ダーマバクテリウム科│ §─o微小細菌科│ └─o │ ├─oダーマトフィラ科│ §─o ミクロコッカス科 │ └─o │ ├─oセルロモナダ科│ └─o プロミクロモノスポラ科 └─o § ─o プロピオニバクテリナ科 │ §─o ノカルディオイド科 │ lux─oプロピオニバクテリア科└─o §─o根尾村│ │ │ │ │ ├─o 真核生物 ► │ │ │ └─o 古細菌または古細菌 ► │ §─oコリネバクテリネ科│ §─?ゴルドニア科│ §─oコリネバクテリア科│ └─o │ §─oミクロモノスポラ科│ └─o抗酸菌目│ §─?セグニリパラ科│ §─?ツカムレラ科│ §─?ウィリアムシア科│ §─o抗酸菌科│ └─o │ ├─oディエツィア科│ └─o ノカルジア科└─oストレプトマイセテス§─oフランキン科│ §─o 酸温菌科 │ ├─oフランキア科│ §─o 地皮膚炎科 │ §─oキネオスポリア科 │ cil ─oナカムレラ科│ └─oスポリクチア科└─o §─oストレプトマイシン科 └─o ストレプトスポランジア科 ├─o サーモモノスポラ科 └─o ├─oノカルジオプス科└─oストレプトスポランジア科