導入
サーマル サイクラー(サーマル サイクラーまたはPCR マシンとも呼ばれる) は、「クラシック」または「エンドポイント」PCR 反応を自動化するデバイスです。
デバイスの説明
このデバイスには、PCR 反応混合物が入ったチューブを挿入できる穴のあるサーマル ブロックが装備されています。
一部のモデルでは、サーマル ブロックの一方の側からもう一方の側まで温度勾配を作成できます。この機能は、特定のプライマーのペアに最適なアニーリング温度を見つけたい場合に使用されます。
最新の装置には、チューブのキャップを押す加熱された屋根が装備されており、反応混合物の蒸発を避けるため、チューブ内の反応媒体の上に鉱油の層を置く必要があります。
いくつかのキーで構成されるキーボードと液晶画面を使用して、プログラムをマシンのメモリに入力できます。
サーマルサイクラーの開始価格は約 2,500 ドルです。
シーケンスプログラム
通常、約 20 サイクルのみが含まれます。
PCRプログラム
プログラム例:
- 95℃ 10～15分（ホットスタート酵素の場合）
- 約 40 サイクルは以下で構成されます。
- 95℃、30秒間（変性ステップ）
- Tm +2 °C (例えば 55 °C) で 1分間(ハイブリダイゼーションステップまたはアニーリング)
- 72℃ 1分間（伸長段階）
- 72℃、5分間
- 40℃ 1分間（冷却）
注: 伸長ステップは、増幅されるフラグメントの予想される長さに依存します。 Taqポリメラーゼは、1 分間に約 1,000 塩基を合成すると考えられています。予想される長さ 500 bp の場合、30 秒の伸長で十分です。
クロコダイル
1980 年代、クロコダイル(親しみを込めて「クロコ」とも呼ばれます) は、手頃な価格で販売された最初のデバイスの 1 つであり、広く入手できるようになりました。彼は 0.5 ml チューブを使用しました。屋根暖房はありませんでした。反応媒体の蒸発を防ぐために鉱油の層を置く必要がありました。冷却にはペルチェ効果を使用せず、ファンを使用しました。
変性プログラム
このプログラムは一般に「DENAT」と呼ばれています。これは、95°C で 10 または 15 分間の単一ステップで構成されます。サイクルの終わりには、すぐにサンプルストリップを取り出し、すぐに氷に浸すために立ち会わなければなりません。サーマルサイクラーブロックは熱いので、火傷しないように注意してください。
PTC
PTC シリーズは MJ-Research によって製造されています。これらは、加熱された屋根を備えたペルチェ効果サーマルサイクラーです。 0.2mlチューブ96本用のブロックが装備されています。温度勾配は1 秒あたり 3°C に達します。
- PTC100
- PTC200
ミニサイクル
MiniCycleは MJ Research によって製造されています。 16 個のウェルがあり、ペルチェ効果を使用してチューブを冷却します。
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